注２：CDとは、cluster of differentiationの略。T細胞などの免疫機構を形成する細胞の表面に存在する、機能的に重要な分子を分類するのに用いられる。CD抗原分子は、モノクローナル抗体で検査される。
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注３：TCRとは、T cell receptorの略で、T細胞受容体（T細胞抗原受容体、T細胞抗原レセプター）のこと。大多数のT細胞（αβT細胞）のTCRは、α鎖（Vα、Jα）とβ鎖（Jβ、Dβ、Vβ）で構成される（TCR2）。
α鎖もβ鎖も、抗原と結合する免疫グロブリンと同様に、可変領域（V領域）とコンスタント領域（C領域）から構成されている。TCRをコードする遺伝子は、免疫グロブリンの遺伝子と同様に、再構成（gene rearrangement）され、多様な抗原に特異的に反応する。
胸腺では、自己反応性T細胞を、除去する：胸腺にやって来た、未分化なT細胞は、選択を受け、胸腺の抗原提示細胞（HLA＋自己抗原）と、適切な親和性を有する細胞（クローン）は、分化・成熟する。胸腺の抗原提示細胞（HLA＋自己抗原）と強く反応する細胞（親和性が高いクローン：自己反応性が強いクローン）や、反応が弱い細胞（親和性が低いクローン）は、死滅させられる。未分化なT細胞の内、未分化なT細胞の98%以上は、死滅（アポトーシス）させられる。
胸腺で、α鎖とβ鎖を構成したT細胞は、末梢血、リンパ節、脾臓などに分布する。
γ鎖とδ鎖で構成されるTCR（TCR1)を有するT細胞も、存在する。このTγδ細胞（γδT細胞）は、末梢血やリンパ節では、 リンパ球の1〜5％しか存在しないが、皮膚や小腸の上皮や粘膜では、T細胞の50％以上を占める。Tγδ細胞もCD16を発現するものも多く、MHC拘束性も見られず、NK細胞様、ADCC様の細胞機能を持ち得る。Tγδ細胞は、Th1細胞への分化を抑制すると考えられている。γδT細胞（Tγδ細胞）は、主に、肝類洞内で分化する。
胸腺外分化T細胞（Tγδ細胞）は、NK細胞と同様に、Cd56、CD57が陽性。
胸腺は、えら呼吸上皮下にあるリンパ球集合が発達した。
そもそも、リンパ球は、マクロファージ（単球）から進化して来たと考えられている。
１．マクロファージ（単球）→
２．NK細胞（CD2+CD3-TCR-、CD161+、IL-2Rβ+LFA-1+のLGL）→
３．NKT細胞（CD3+、TCRは一種類+、 CD161+）→
４．γδT細胞（Tγδ細胞：胸腺外分化T細胞：CD2+CD3+TCR+でIL-2Rβ+LFA-1+のLGL）→
５．αβT細胞（胸腺由来T細胞：CD2+CD3+TCR+でIL-2Rβ-LFA-1-：IL-2RβやLFA-1は、必要時にのみ発現する）
と分化したと考えられる。
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注４：表面にIgM、IgD、CD40陽性のB細胞は、CD4、CD154陽性のTh1細胞と反応する（抗原を、B細胞から、ヘルパーT細胞のTCR・CD3複合体に、提示される）。
ヘルパーT細胞から、IL-4が産生されると、B細胞は、IgG1やIgEを産生するようになる。ヘルパーT細胞から、IFN-γが産生されると、IgG2aやIgG3が産生されるようになる。ヘルパーT細胞から、TGF-βが産生されると、IgG2aやIgAが産生されるようになる。
注５：リンパ球（T細胞、B細胞、NK細胞など）、単球は、末梢血の塗沫標本では、丸い形をしているが、実際には、リンパ球や単球には、頭部と下部（尾部）が存在し、プレート内で培養すると、図のように、突起を出したりして、極在し た姿を示す。
注６：炎症性サイトカインとしては、TNF-α、IL-1β、IL-6、IFNγ、IL-8が存在する。炎症性サイトカインは、活性化マクロファージや活性化血管内皮細胞から、産生される。
抗炎症性サイトカイン（抑制性サイトカイン）としては、IL-4、IL-10、TGF-βが存在し、活性化マクロファージなどから、産生される。なお、活性化マクロファージは、抗炎症作用のあるプロスタグランジンのPGE2をも、産生する。
T細胞サイトカインとしては、Th1細胞（TH1）から、感染症の際に、IL-2、IFNγが、産生され、Th2細胞（TH2）から、アレルギーの際に、IL-4、IL-5が、産生される。
注７：Toll-like receptor (TLRs)は、マクロファージ（Mφ）や樹状細胞に存在し、病原体（細菌やウイルスなど）に特異的な蛋白、DNA、RNAを認識する。その結果、細胞内シグナル伝達経路が活性化され、炎症性サイトカインや、インターフェロンが、産生される。Tollは、ハエ（蝿）の遺伝子で、真菌の侵入を察知して、活性化シグナルを伝達し、感染防御反応を誘導する。
Toll-like receptor (TLRs)の他に、細胞表面には、補体C3レセプター、Mannose receptor、Scavenger receptorなどが、存在し、侵入した病原体（細菌やウイルスなど）の侵入を、認識する。
Mannose receptorは、細胞表面のレクチンであり、病原体表面（表層）の糖（糖鎖のマンノース）と結合する：Mannose receptorは、細菌、真菌、ウイルス感染細胞、寄生虫の表面の抗原（糖鎖のマンノース）と、結合する。
Scavenger receptorは、リポ蛋白や、リポ多糖（LPS）など細菌の表面に存在する糖脂質とも、結合する。
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マクロファージ（Mφ）表面などに存在する、補体C3レセプター、Scavenger receptor、Fcレセプター、レクチンなどにより、侵入した病原体（細菌やウイルス）は、貪食され、クリアランスされる。
病原体の菌体膜成分（LPSなど）は、細胞表面に存在するTLR4/MD-2、TLR2/TLR1、TLR2/TLR6によって、認識される。
ウイルス由来のDNA、RNAは、細胞内顆粒に存在するTLR3、TLR7、TLR8、TLR9によって、認識される。
TRL（Toll様受容体）には、TLR1〜TLR10の存在が知られているが、TLR8とTLR10の機能は、判明していない。TLR1、TLR2、TLR4、TLR5、TLR6は、細胞表面に存在し、TLR3、TLR７、TLR9は、細胞質内のエンドソームに存在する。
TLR1は、TLR2と、ヘテロ二量体を形成し、ペプチドグリカンや、細菌由来のリポペプチド（トリアシルリポペプチド）を、認識する。
TLR2は、TLR1や、TLR6と、ヘテロ二量体を形成する。
TLR3は、dsRNA（二本鎖RNA：ウイルス由来）を、認識する。
TLR4は、MD2と会合して複合体を形成して、LPS（エンドトキシン）、リポタイコ酸、リピッドAを、認識する。LPSは、血清中では、LBP(LPS binding protein：肝臓で生成される）と、LPS/LPB複合体を形成する。TLR4、MD-2、CD14は、LPSレセプター複合体を形成し、LPS/LPB複合体を認識（受容）する。TLR4は、マクロファージ以外に、腸粘膜上皮細胞、胃粘膜上皮細胞にも発現している。ピロリ菌（H. pylori）から分泌されるリポ多糖類（LPS）は、TLR4に結合し、サイトカインのIL-8産生を誘導し、胃粘膜の炎症（胃炎）が起こる。
TLR5は、フラジェリン（細菌の鞭毛に含まれる）を、認識する。TLR5は、腸管の上皮細胞の毛細血管側に存在する。生体は、腸管の上皮細胞表面に存在する腸内細菌（常在細菌）に対しては、免疫寛容を誘導するが、腸管粘膜を越えて侵入した腸内細菌に対しては、TLR5などで、認識し（感知し）、免疫応答をする。
TLR6は、TLR2と、ヘテロ二量体を形成し、マイコプラズマ由来のリポペプチド（細菌由来のリポペプチドとは、アシル基が異なる）を、認識する。
TLR7は、ssRNA（一本鎖RNA）や、イミダゾキノリン（抗ウイルス薬）を認識する。
TLR9は、非メチル化CpGDNA（細菌のDNA：哺乳類のDNAは、C-Gの Cの部分が、メチル化されている）を、認識する。クロマチン構造は、DNAメチル化や、ヒストン修飾により、転写活性が調節される（エピジェネリック制御）。CpG（シトシン-グアニン）は、哺乳類では、メチル化が最も高頻度に認められるジヌクレオチド。CpA（シトシン-アデニン）や、CpT（シトシン-チミン）残基も、メチル化が認められる。
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